شنیده های موثق به نقل از یکی از نزدیکان حجت الاسلام سید حسن خمینی حاکی است که وی از نامه گستاخانه کدیور به شدت ناراحت شده و در جمع تعدادی از دوستان روحانی و معتقدان به حضرت امام گفته است بزودی پاسخ دندان شکنی به اظهارات زشت کدیور خواهم داد. در این جلسه یکی از حاضران از نوه حضرت امام سئوال کرده که آیا قصد پاسخگویی مکتوب به کدیور را دارید؟ وی گفته کدیور برای احیای خود همین را می خواهد اما شخصیت و مطالب وی این ارزش را ندارد که نامه ای به او بنویسم اما این سخنان کدیور و همفکران او را بدون پاسخ نخواهم گذاشت تا او و امثال او بفهمند که احیای نظریه ولایت فقیه یادگار ارزشمند حضرت امام خمینی در عصر حاضر بوده و دلایل اثباتی عقلی و روایتی بسیار فراوانی برای درست  بودن نظریه ولایت فقیه وجود دارد که آن را به تفصیل بیان خواهم کرد.

محسن کدیور در نامه ای  موهن به حجت الاسلام سید حسن خمینی وی را تشویق کرده در مقابل نظریه ولایت فقیه این میراث گرانقدر بنیانگذار جمهوری اسلامی ایستادگی کرده و غیر معتبر بودن آن را اعلام کند.نامه کدیور به حجت الاسلام سید حسن خمینی قبل از رسیدن به وی در سایت های ضد دین و مخالف امام منتشر شد. وی در این نامه به صورت ریاکارانه به تملق گویی از نوه حضرت امام پرداخته و مذبوحانه دست و پا زده که وی را با سران فتنه همفکر معرفی کند. کدیور در این نامه ملتمسانه از نوه حضرت امام خمینی برای یاری نظری و عملی جنبش مضمحل شده سبز درخواست گدایی کرده است.